早年在南开大学攻读，并留学美国爱墨赫斯脱（AMHERST）大学，后回国主持大业印刷厂。1946年挟巨资到香港，于1947年独资兴办永华影业公司，从香港、上海等地延揽中国第一流电影人才，从而使永华成为当时中国规模空前的现代化电影机构。1947年8月开始制片，创业作品为《国魂》。至1949年8月，共摄制11部制作认真的国语片。其中包括在巴拿马国际电影节获奖的《火葬》，在洛迦诺国际电影节入选并获好评的《清宫秘史》以及《海誓》、《怒潮》、《山河泪》、《生与死》、《春风秋雨》等。《清宫秘史》曾在欧美、中东等10多个国家和地区公映，《火葬》亦在法国上映。1948年下半年后，永华的许多主要力量相继离去，失去了人才优势，又兼以过去制作成本过高，浪费严重，造成亏蚀，于1950～1951年停产整顿。从1951年下半年至1953年，永华在李祖永主持下又摄制了9部影片，但其中只有根据沈从文小说《边城》改编的《翠翠》和讽刺喜剧《拜金的人》较为成功。1954年后永华一蹶不振，至1956年，永华实际上被国泰影业公司接管。1957年，李祖永竭尽全力筹拍了最后一部属于永华的影片《飞虎将军》，此后不得不离开影坛。三年后，李祖永突然中风病故。