1875（光绪元年）藻中秀才，1888年（光绪十四年）中举人，1894年（光绪二十年）进京赶考，与南通的张謇同榜甲午科进士及第，并一起参加了殿试。张謇中了状元，刘锦藻则为两榜进士。他与张謇从文墨之交，成为挚友。时有萧山汤寿潜，1892年（光绪十八年）进士，与张謇同为康有为、梁启超、谭嗣同等创设的“强学会”会员，交往密切，经张謇的介绍，刘锦藻与汤寿潜也交上了朋友，从此与南浔结下了缘。1898年（光绪二十四年）“戊戌变法”（即百日维新）失败，慈禧太后临朝专政，清查“强学会”，汤寿潜从北京潜回杭州。适清废科举，刘锦藻倡议浔溪书院，常课外，并授经史、时务、策论，推举汤寿潜来南浔主讲新课，出任浔溪书院山长（相当于院长）崇尚新学。在刘锦藻的引荐下，汤寿潜也结识了庞莱臣、周湘龄、蒋汝藻、张钧衡等镇绅。
1905年（光绪三十一年）7月，为抵制英美商向清政府以铁路借款为诱饵，企图掠夺苏杭甬铁路与浙赣铁路之权，汤寿潜与刘锦藻约浙江绅商在上海集议，拒绝英美借款，决定在浙江自造铁路，创办浙江铁路公司。举汤寿潜和刘锦藻为正副总经理，庞莱臣、周湘龄、蒋汝藻、张钧衡等当选为董事，并投了资。以刘锦藻为首的南浔财团，成了浙江铁路公司的支柱，积极参予保路运动。1907年（光绪三十三年）11月，为抵制外国银行侵占金融市场和开发地方经济，刘锦藻与汤寿潜倡议浙江铁路公司集资100万元，在杭州创办浙江兴业银行，为浙江第一家商业银行，发行钞票，流通市场，刘锦藻、庞莱臣、周湘龄、张钧衡都投了资。刘锦藻还参与倡议在杭州举办高等工业学堂，设建筑与机械两科，培养工业技术人才。
刘锦藻承父业，经营淮盐，设扬州盐场，为淮盐的大盐商。在通州设垦牧公司，在上海设大达轮船公司和码头，还经营房地产，扬州设有经租帐房，杭州、莫干山均有别墅。并广开当铺，在南浔投资浔震电灯公司，开设刘振茂绸缎局。
经商之余，性喜藏书，他曾任职于内阁，颇得内阁大库藏书之便，通籍后开始网罗典籍，其藏书处曰“坚匏庵”，不乏善本。出游则携书相随，晚年在青岛有“静寄庐”，收藏古籍已具规模。现扬州市图书馆，仍收藏着当年刘锦藻的部分藏书。他最大贡献则是在学术方面，进入中年以后，淡泊于做官，沉溺于清朝史料的整理和旅游。他独自穷20多年之功力，于1921年编成了一部多达400卷的《清朝续文献通考》，上接《清文献通考》，下至清末民初，网罗考订清一代文献，博征群籍，一朝典章制度，灿然大备。“嘉业堂”藏书，始于刘锦藻，其子刘承干，继承父业，成为藏书大家。
他关心社会慈善事业，1895年（光绪二十一年），美国南监理会教士韩明德（美国人）在湖州海岛围地建教堂（海岛堂）侵占尊经阁、颜鲁公祠，曹孝子祠等房地50余亩，湖郡邑绅累经交涉无效，后诉讼上达京师总理衙门，均以涉外关系，未获结果。刘锦藻与韩教士曾有交往，约张弁群同访，据理洽谈，退地问题获得解决。他在南浔创建义仓俗称积谷仓，贮备稻谷，救济贫民。特别在兴学方面，对地方曾作了贡献。1916年（民国五年），他在积谷仓内创建孺嫠小学，为一所正规的私立初级小学，供孤苦儿童免费入学。1929年（民国十八年），他把孺嫠小学归并南浔中学，开办南浔中学附属小学，还捐款5000元作为基金。他在刘氏义庄置庄田，设家塾，供本族贫寒子弟免费入学。又从义庄收益中提成作为兴学经费，制订了切实的兴学办法：
（一）津贴学费方面：
凡在义庄所设两等小学就读的，其学膳费家庭负担确实困难的全免。有愿人其它学校读书无力负担者，凡人初小每年支钱12千文，高小16千文，中学40千文。
（二）升学送川资方面：
凡高等小学毕业送考外地中学的支钱2千文；中学毕业送考高等学堂的支钱10千文；省校毕业送考京师大学堂的支钱30千文；官费出洋留学，去东洋的支钱40千文，去西洋的加倍支付。凡留学回国，进京应试的支钱40千文；送考海陆军及师范实业的均按比例。
（三）奖赠毕业方面：高等小学
毕业最优等的奖赠12千文，优等、中等10千文；初等实业同。中学堂毕业最优等及优等的20千文，中等15千文；初级师范、中等实业同。高等学堂毕业最优等、优等、中等30千文。大学堂毕业分科列最优等者80千文，优等60千文，中等50千文；选科最优等者60千文，优等、中等50千文；海陆军及留学毕业赴京考取者，仿上例议赠。（以上系按1895年（光绪二十一年）生活标准拟定）。
南浔西郊有古“挂瓢池”，1885年（光绪十一年），刘锦藻在池畔筑屋以厝伯兄刘安渊（紫回）之柩，后以挂瓢池改建为园林。以莲池为中心，沿池补栽花木，点缀假山、曲桥，布置亭榭楼阁，名“小莲庄”。1924年（民国十三年）又扩建内园，凿池栽芰，叠石成山，松径一湾，枫林四匝，拾级登山，颇有杜牧《山行》诗意。据刘锦藻《小莲庄记略》说：“因赵雪松（孟颊）有莲花庄，额之曰小莲庄”。并在西侧建义庄曰刘氏家庙。现小莲庄已列为省重点文物保护单位。
1901年（光绪二十七年），刘锦藻向清廷出资助赈陕西灾难，依例授候补四品京堂。同年写成《续皇朝文献通考》400卷进呈，赏内阁侍读学士衔。后来上海商务印书馆汇印《九通》时，将《续皇朝文献通考》增人，成为《十通》。其著述尚有《南浔备志》三卷，《坚匏庵诗文钞》四卷，《杂著》二卷，《律赋》一卷，《楹联》一卷、《坚匏庵集》、《絅宦尺犊附楹联》、《葭州书屋遗稿》等。
刘锦藻于1934年（民国二十三年）病逝上海寓所，终年73岁。[3]